В расчете 6-НДФЛ за 9 месяцев суммы начисленной за сентябрь зарплаты, НДФЛ и вычетов по ней учитывают только при расчете показателей строк 020, 030 и 040 разд. 1 (п. п. 3.1, 3.3 Порядка заполнения расчета 6-НДФЛ, Письмо ФНС России от 24.05.2016 N БС-4-11/9194).
В расчете за год зарплата за сентябрь, вычеты и НДФЛ с нее учитываются (п. п. 3.1, 3.3, 4.1, 4.2 Порядка заполнения расчета 6-НДФЛ):
Например, учёт зарплаты ведется в программе Зарплата и управление персоналом, ред.3. Начисление зарплаты, налогов и взносов произошло специализированным документом Начисление зарплаты и взносов от 30.09.2018 (рис.1).
Выплата произошла 5 октября 2018 при помощи документа Ведомость в кассу от 05.10.2018 (рис.2).
В самом расчете 6-НДФЛ за 9 месяцев данная ситуация будет выглядеть следующим образом (рис.3 а, б):
Рис.3,б
Сумма удержанного налога не попала в 070 строку 1 раздела расчета за 9 месяцев, потому как само событие не входит в 3 квартал (9 месяцев за 2018г), сумму удержанного налога увидим за годовой отчет (рис .4).
Если же зарплата за сентябрь была выплачена 28 сентября, то 1 раздел расчета 6-НДФЛ за 9 месяцев будет выглядеть так (рис.5):
Таким образом, заполнение строки 070 для сентябрьской зарплаты зависит от факта выплаты зарплаты, то есть от даты в документе Выплаты.