В «1С:Бухгалтерия 8» начиная с версии 3.0.148 добавлена возможность загружать выписку сразу по всем счетам, открытым в банке, с которым настроен обмен через 1С:ДиректБанк,  по банковским счетам, указанным в настройках организации.

Необходимая настройка:

Для изменения настройки нужно сделать следующее:

Аналогично настраивается возврат к загрузке по всем счетам в банке. 

Простой интерфейс: меню «Деньги - Банк - Банковские выписки».

Полный интерфейс: меню «Банк и касса - Банк - Банковские выписки».